Guillermo Barros Schelotto dirigió a nuestro primer equipo entre julio de 2012 y diciembre de 2015, acompañado por su hermano mellizo Gustavo como principal asistente. Fue su primera experiencia como director técnico, después de una carrera como jugador en Gimnasia y Esgrima La Plata, Boca Juniors y Columbus Crew.

Su equipo, que solía jugar con un sistema 4-3-3, combinó a jugadores con experiencia y jóvenes de nuestras divisiones inferiores. A fines de 2013 fue subcampeón del Torneo Inicial y ganó la Copa Sudamericana 2013, el segundo título internacional de nuestra historia, tras vencer a Ponte Preta 2-0 en nuestro estadio en la final de vuelta. En 2014 llegó a los cuartos de final de la Copa Libertadores y disputó las finales de la Recopa Sudamericana y la Copa Suruga Bank. En total dirigió 168 partidos.